A história do game é original, tendo como personagem central Rikku, que sonha em ter sua própria criatura Bakugan. Seu amigo Dan empresta seu Drago para sentir o gosto de participar de uma batalha. Mas, no fim do dia, Rikku encontra seu próprio Bakugan, de nome Leônidas e, assim, ele pode participar de seu primeiro campeonato. O jogador começa como um guerreiro inexperiente, mas, ao longo da jornada, tenta chegar ao topo do ranking.